Η φλεβική θρόμβωση του εγκεφάλου προσβάλλει 3-4 ενήλικες και 7 παιδιά ανά 1 εκατομύριο πληθυσμού. Μπορεί να περιλαμβάνει φλοιώδη φλεβική θρόμβωση, θρόμβωση των φλεβωδών κόλπων, εν τω βάθει φλεβική θρόμβωση ή θρόμβωση της έσω σφαγίτιδος.
Στά νεογνά, η έντονη αφυδάτωση μπορεί να προκαλέσει θρόμβωση του εν τω βάθει φλεβικού δικτύου και του ευθέος κόλπου, με αποτέλεσμα θαλαμική αιμορραγία. Στην βρεφική και παιδική ηλικία, η θρόμβωση του εγκαρσίου και σιγμοειδούς κόλπου είναι συνήθως αποτέλεσμα επέκτασης μαστοειδίτιδος. Χρήση αντισυλληπτικών, γενικευμένες λοιμώξεις όπως το κοινό κρυολόγημα, κακοήθειες όπως η λευχαιμία και διαταραχές πηκτικότητας όπως η ανεπάρκεια της αντιθρομβίνης ΙΙΙ, της πρωτεΐνης C καί S σχετίζονται με θρομβώσεις των φλεβωδών κόλπων του εγκεφάλου.
Η ενεργός πρωτεΐνη-C ( APC, activated protein-C ) είναι μία πρωτεάση του ορού με ισχυρές αντιθρομβωτικές ιδιότητες η οποία σχηματίζεται στο ενδοθήλιο των αγγείων από μία ανενεργό πρόδρομη ουσία και εμποδίζει το σχηματισμό θρόμβου με πρωτεολυτική αδρανοποίηση των παραγόντων πήξεως Va, VIIIa. Γιά την εκδήλωση της δράσεώς της, είναι απαραίτητη η παρουσία ενός μη ενζυμικού παράγοντα, της πρωτεΐνης-S. Έχει βρεθεί ότι η αντιθρομβωτική δράση της ενεργού πρωτεΐνης-C ήταν πολύ ασθενής στο πλάσμα 21% των ασθενών με θρομβώσεις και 50% ασθενών με οικογενειακό ιστορικό θρομβώσεων. Περίπου 5% του πληθυσμού παρουσιάζει αντίσταση στην ενεργό πρωτεΐνη-C και συνδέεται με επταπλάσια συχνότητα εν τω βάθει φλεβικής θρομβώσεως. Η αντίσταση σχετίζεται με ετεροζυγωτία ή ομοζυγωτία ως πρός μία μετάλλαξη στο γονίδιο του παράγοντα-V πήξεως, με αποτέλεσμα να συντίθεται παράγοντας-V που δεν απενεργοποιείται από την ενεργό πρωτεΐνη-C. Συγκεκριμένα στην Δανία έχει βρεθεί ότι η μετάλλαξη αφορά το 2% του γενικού πληθυσμού που παρουσιάζει δεκαπλάσια συχνότητα φλεβικών θρομβώσεων.
Σε 10% των ασθενών με θρόμβωση των φλεβωδών κόλπων του εγκεφάλου ανιχνεύονται αυξημένοι τίτλοι αντισωμάτων κατά της καρδιολίπινης, που ανήκουν στην κατηγορία των αντισωμάτων κατά των φωσφολιπιδίων της κυτταρικής μεμβράνης. Τα αντιφωσφολιπιδικά αντισώματα σχετίζονται με αυτοάνοσα νοσήματα όπως ο συστηματικός ερυθηματώδης λύκος και αλλά νοσήματα του συνδετικού ιστού, χρήση πενικιλλαμίνης και ιογενείς λοιμώξεις ή κακοήθειες, ενώ ανιχνεύονται τυχαία και σε υγιή άτομα. Εάν μετά από επεισόδιο φλεβικής θρομβώσεως ο τίτλος των αντιφωσφολιπιδικών αντισωμάτων παραμένει σε υψηλά επίπεδα, τότε είναι συχνή η υποτροπή της θρομβώσεως καί οι ασθενείς πρέπει να υποβάλλονται σε παρατεταμένη αντιπηκτική αγωγή.